一、受理申請方的申請：

申请认证的组织第一要综合考虑各认证机构的权威性、信誉和花费等方面的因素，接着选择合适的认证机构，并与其取得接洽，提出环境管理體系認證申请。

認證機構接到申請方的正式申請書之後，將對申請方的申請文件進行初步的審查，如果适合申請要求，與其簽訂管理體系審核/注冊合同，確定受理其申請。

二、環境管理體系審核：

在整個認證過程中，對申請方的環境管理體系的審核是最關鍵的環節。認證機構正式受理申請方的申請之後，敏捷組成一個審核小組，並任命一個審核組長，審核組中至少有一名具有該審核範圍專業項目種類的專業審核人員或技術專家，協助審核組進行審核工作。

審核工作大体分爲3步：

1.文件審核

對申請方提交的准備文件進行詳細的審查，這是實施現場審核基礎工作。申請方需要編寫好其環境管理體系文件，在審核過程中，若發現申請方的EMS手冊不适合要求，則由其采取有效糾正措施直至适合要求。認證機構對這些文件進行認真審核之後，如果認爲合格，就准備進入現場審核階段。

2.現場審核

在完成對申請方的文件審查和預審基礎上，審核組長要制定一個審核計劃，告知申請方並征求申請方的意見，申請方接到審核計劃之後，如果對審核計劃的某些條款或安排有不同意見，马上通知審核組長或認證機構，並在現場審核前解決好這些問題。解決好這些問題之後，審核組正式實施現場審核，要紧目的就是通過對申請方進行現場實地考察，驗證EMS手冊、顺序文件和作業指導書等一系列文件的實際執行情況，從而來評價該環境管理體系運行的有效性，判別申請方建立的環境管理體系和ISO14001標准是否相适合。

在實施現場審核過程中，審核小組天天都要進行內部討論，由審核組長主持，全體審核員參加，對本次審核的結構進行全面的評定，確定現場審核中發現的哪些不适合情況需寫成不适合項報告及其嚴重程度。

3.跟蹤審核

申請方比照審核計劃與認證機構商定時間糾正發現的不适合項，糾正措施完成之後遞交認證機構。認證機構收到材料後，組織原來的審核小組的成員對糾正措施的结果進行跟蹤審核。如果審核結果表明被審核方報來的材料詳細確實，則可以進入注冊階段的工作。

三、報批並頒發證書

根據注冊材料上報清單的要求，審核組長對上報材料進行整理並填寫注冊推薦表，該表最後上交認證機構進行複審，如果合格，認證機構將編制並發放證書，將該申請方列入獲證目錄，申請方可以通過各種媒介來宣傳，並可以在中文产品上加貼注冊標識。

四、監督檢查及複審、換證

在證書有效期限內，認證機構對獲證企業進行監督檢查，以保證該環境管理體系适合ISO14001標准要求，並能夠切實、有效地運行。證書有效期滿後，或者企業的認證範圍、模式、機構名稱等發生重大變化後，該認證機構受理企業的換證申請，以保證企業不斷改進和完善其環境管理體系。